Im Dezember 2003 hat die Landesregierung Zielvereinbarungen für die Jahre 2004 bis 2006 mit den Hochschulen abgeschlossen. Im Februar 2004 wurde zusätzlich ein Hochschulpakt verabschiedet, der den Hochschulen Planungssicherheit bis 2006 garantiert. Seit 2004 ist eine leistungsorientierte Mittelverteilung wirksam. 95% der Mittel werden nach Indikatoren verteilt, davon 75% nach Regelstudienzeit und Professuren, 20% nach Leistungsindikatoren. 3% der Mittel sind für Sondertatbestände reserviert und 2% werden über Zielvereinbarungen ausgegeben. Gegenwärtig gelten Zielvereinbarungen mit einer Laufzeit von 2010 bis 2012 und damit die dritte Generation von vertragsförmigen Vereinbarungen in Brandenburg.